方以智的政治经历与王夫之、黄宗羲等人差不多，前半生几乎都在致力于匡复明室，后半生方有暇从事于著述。他的著作格外的多，其基本倾向是"纷纶五经，融汇百氏"，讲究"质测"、"通几"之学。前者以儒学为主，改铸老庄，援引佛道，以《易》学为核心，实现三教兼容，而且还尽力吸收当时从西方传来的自然科学知识。后者直接使用西方传来的科学方法和手段，从事自然科学的实证研究，以自己的研究成果和学术倾向批评宋明理学家空谈心性之弊病，确实取得一些有价值的结论。如物质的恒动规律、火一元论等。凡此，皆为传统儒者所不为，于此可见儒学传统在新的历史条件下有某种转向的可能。
就这批知识分子的文化心态来说，他们着力营造的以实证考据为基本特征的汉学，在某种程度上也反映出他们对清朝统治者的不合作态度和逆反心理。清朝建立之后，统治者为了笼络汉族知识分子，曾经有意识地提倡宋明理学，尤其是程朱理学，并有意识地提拔了汤斌、李光地等一大批理学名臣，企图以理学来消弥汉族知识分子对异族统治者的敌视。当时，具有高度民族气节的学者不得不将反对理学作为反清斗争的一个手段，如顾炎武、黄宗羲、王夫之等人对理学的批评在很大意义上是对清朝统治者的反抗。从这个意义上说，他们对理学的攻击不仅仅是个学术问题，而且是当时特定政治背景下知识分子逆反心理的一种反映。这批知识分子为了反对清朝统治者就必须在学术层面将统治者所提倡的理学批得一钱不值，并设法寻找一种新的学说，以与统治者提倡的理学相抗衡。宋明理学的基本态度是对原始儒学的修正，其主要弊病就是用含糊、抽象、空洞的词句混淆是非概念。因此，当时这批反对理学的知识分子就采取一种与理学相反的治学方法，从正名开始，考证儒家经典中一些重要概念，并进行新的分析，附加新的意义。如王夫之、黄宗羲对君臣、夷夏概念的辨析就不仅仅是纯粹的学术问题，而是借学术来鼓励人们反对异族统治。
另一方面，由于意识形态的需要，明末清初的思想界“由王返朱”的呼声也日高一日。他们把矛头直接指向王学及其末流，虽然没有提出新的理论形态去取代王学，但他们基于王阳明学说与朱熹学说直接对立的历史事实，遂以复古的形态，以否定之否定的手段，提出由程朱理学来取代王学在思想界的地位，以填补意识形态的真空。此一运动导源于王学的直接传承者，然正式发难则有张履祥、吕留良等人肇其始，中经陆陇其、魏象枢等人的艰苦努力，到熊赐履、李光地等人因传承朱学而官至卿相，便大体完成了由末代王的学术更新运动。朱熹的偶像由康熙皇帝从孔庙的两庞提升为大成殿十哲之次，朱熹的学说也被钦定为"集大成而继千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世之规。。似乎只要永远高举朱子的旗帜，人世间的一切难题便可迎刃而解。理学的复兴不再只是一种可能，而是一种实实在在的运动。
由末代王或许有助于解救王学的危机，然而实在说来，朱学远非一种尽善尽美万世无弊的思想学说，不要说它在历史上有过一个曾经被淘汰的经历，即使从朱学的内在结构说，其所强调的内圣外王学说毕竟过于"说玄说妙","骛高鹜远"，于社会实际生活意义不大。正如朱舜水所指出的那样："宋儒辨析毫厘，终不曾做得一事，况又于屋下架屋哉?"因此，伴随着程朱理学的复兴，一场以理学为主要批评对象的运动实际上也在倔起。
对理学的批评不始于明末清初，然而明末清初的反理学运动实际上导致了理学的终结。顾炎武、黄宗羲、王夫之、方以智等人都对理学有所批评，但由于他们思想主旨不在此，故而影响不算太大。在当时，真正专以批评理学为为学宗旨约有陈确、颜元、李等人。正是由于他们的批评才最终使理学走向终结。
陈确的思想深受王阳明和刘宗周的影响，因而他敢于蔑视权威，打破成见，对程朱理学予以强烈的攻击。首先，他集中精力批评宋明理学所凭借的儒家经典《大学》和《中庸》，公开怀疑这两本书的正确性和权威性，从根底上抽空理学家的学术依据。他指出，被理学家奉为为学总纲的《大学》首章，并不是"圣经"，也不是孔子之言；其传十章也非曾子之作，更非。贤传"。观其实，其言似圣而其旨实窜于禅，其词游而无根，其趋罔而终困，支离虚诞，决非秦以前儒者所为。这种分析显然是要给理学家以致命的打击。其次，在谈到性理问题时，陈确着力批评理学家的先天道德论，以为人性的善恶主要在于后天的学习和环境的影响，是后天事功的必然结果。对于理学家的天理人欲不可并存说，陈确也持坚决的反对态度，以为人欲的存在不仅是客观的事实，而且具有必然性和合理性，是人人所固有的生理属性，普遍存在于包括圣人在内的每一个人的身上。因此他强调，天理只能从人欲中见，人欲恰到好处，即是天理。对于宋明以来的伪道学，陈确和先前的李贽一样表示极端憎恶和反感，主张将伦理道德规范与实际经济能力结合起来，反对不顾经济能力的厚葬以崇孝道、厚礼以行婚嫁等社会陋习。表现出"事事求实理"，以日常生活中实实在在的理去反对虚伪的礼教，用"实理"反对“天理"。是明清之际实学思潮在日常生活中的具体化和实用化。
具有实学思想倾向的学者在清初还有许多；如与黄宗羲、李并列为清初三大儒的孙奇逢，也是以实学思想对宋明理学进行猛烈攻击的一员健将。孙奇逢早在明代即已显名，大清之后，绝意仕途，不求闻达，潜心学术，著述甚丰，以求经世。就其学术倾向而言，他并不是坚决站在程朱理学的立场上反对王学，而表现出调和朱陆的思想倾向。只是其学术宗旨毕竟出于王阳明，而变以笃实，化为和平，兼采程朱之皆以弥补王学之不足。因此，他既不欲以程朱、陆王为二途，也不过分地站在一方而反对另一方。他以为朱王之间同而异，异而同，互有短长。正确的选择只能是以虚泄实，以实补虚。主张治学与治世相结合，认为学术之废兴，系世运之升降。又主张遇事敢言，见危受命，而经世宰物，随地自见，此圣门之所以贵于学，而其用甚大。若平日只会空谈身心性命，--遇事便束手无策，此乡曲腐儒之流，并非真儒学。显然，这是实学思潮影响下的学术倾向。
提倡经世致用之学并不一定要反对程朱理学，这在当时似也是一个较为普遍的现象。如陆世仪，初师刘宗周，后归宗于程朱，并被称为恪守程朱家法、道体纯正者。但是鉴于当时的条件，他也并不是死守程朱理学的传统不变，而是期与用世，其为学宗旨与顾炎武大体相近。一方面，他对程朱理学空谈身心性命之学已不太感兴趣，而阳明之学直截了当似更有可取；另一方面，他和其他理学家也不尽相同，不仅力倡经世致用之学，而且如顾炎武一样身体力行，于农田水利、田赋、兵阵，以及中国古代政治制度等都有相当精深的研究。凡此，均表明他的思想更接近于顾炎武而并不拘于传统理学的旧范式。
清初三大儒之一的李禺页,其学先以经世致用为唯一准的，欲开物成务，康济世艰，后转而对心性义理的探讨，提倡反身悔过之学并标出心性修养的宗旨为"悔过自新"四个字。这里虽有明显的理学家的气味，但真实的用意无疑是对当时知识界寡廉鲜耻状况的批评，是以此唤醒士人，达到救世济时之目的。在谈到儒家之学的功能时，李禺页认为，儒学的基本功能就是明体适用，既要讲究识心悟性，又要讲开物成务，两个方面浑然而不可分离。明体而不适于用，便是腐儒；适用而不本于明体，便是霸儒；既不明体，又不适用，徒旧没于词章记诵之末，便只能是俗儒。据此可见，李禺页的思想虽没有超出理学家的范围，但其实学实用的倾向已极为明显。
具有实学实用倾向而又超出理学范围，并对理学持批评态度的，在当时除了陈确之外，尚有颜元和李塨。他们二人着力批判理学空谈心性，倡导经世致用和实学学风，重视实际操习之"行"，强调习行、习动、践行，反对死读书，读死书。其所代表的学派史称颜李学派。
颜元早岁好陆王心学，后政事程朱理学，信之甚笃。不久又怀疑朱学盖已参杂佛学，不止陆王也；陆王也近支离，不止朱学也。中年以后，目睹宋明理学空谈的流弊，再加上因义祖母去世，代文居丧时，行朱子"三日不含，朝夕哭"的家礼，饥饿哀毁几至于死，于是开始怀疑程朱理学的价值，断然背离程朱理学，转而走向彻底批判程朱理学的学术道路。始信程朱之道不熄，周孔之道不著，以为必破一分程朱，始人一分孔孟。进而认为孔孟自孔孟，程朱自程朱，程朱学说并不是孔孟学说的真传，而是儒学的变种。他给自己制定的学术目标是：推翻程朱，复旧孔孟。
在对理学的批判上，颜元和其他的反理学家都不太相同，首先他不是从理学命题的对立面入手，不是在理学家津津乐道的心性义理方面提出反命题，而是以实事实行为标准来判断各种命题的价值和意义。他认为，早期儒学的基本特点是尚实，几天地所生以主此气机者，率皆实文、实行、实体、实用，卒为天地造实绩，而民以安，物以阜。降自汉晋，沉溺于章句，不知章句所以传圣贤之道，而非圣贤之道。妄希于清谈，不知清谈所以阐释圣贤之学，而本身并不是圣贤之学。到了末代，理学家的所谓儒学更集汉晋释道之大成，所有的学问无不尚虚。儒者构成妇人态，甚可羞。无事袖手谈心性，临危一死报君王。不关经济，不干实事，不学军事，只知静坐以养性，读书以揣摩八股。著述集文，不是为了经世致用，而是贪从祀庙廷之典，为了吃点冷猪肉。因此，他认为，古之学有用，今之学无用。进而他指出理学与心学实际上都是满口胡说，是自欺欺人，是要把人引向歧途，甚至可以说是一种杀人之学。他说，"果息王学而朱学独行，不杀人耶?果息朱学而独行王学，不杀人耶？”在程朱陆王之学当道的时候，这种呼声无疑需要相当的学术勇气。
为了纠正理学所带来的弊病，颜元竭力提倡实学、实习和实行。以为只有实行，才能真正精通各项具体的事物。否则静坐读书而不接触实际，所得只是空的知识，或假的知识，便如望梅画饼，靠之饥食渴饮不得。读书欲办天下事，犹如缘木而求鱼。只有亲自动手去做，才能获得真知识。
李塨是颜元的弟子，由于他频繁出入京师，广泛交游，因此在传播颜元的学术思想方面贡献极大。他的学术思想与颜元大体相近，以为纸上的阅历多，则世事阅历少；笔墨之精神多，则经济之精神少。宋明之亡，皆由于此。因而他和颜元一样，反对高坐而谈性天，捉风捕影，篡改章句语录，而主张应于礼乐兵农官职地理人事沿革诸实事，多下功夫，以实行实学补救理学之偏颇。对于传统儒学的义利之辨，颜元继承陈亮"义利双行，王霸并用"的观点，坚决反对汉儒的"正其义不谋其利，明其道不计其功"的说法，而改为"正其义以谋其利，明其道而计其功"。李塨则更以为"明其道而不计其功"之语，学者如真的奉为为学宗旨，那么则学无事功，举世陆沉，后果不堪设想。他们主张义与利、道与功应该统一和结合，而不巨相互对立的关系。这样，他们便撕破了道学家的虚伪面纱，实际上意味着宋明理学的终结。
有了颜元、李塨等人对理学、心学的批判，又有了顾炎武、黄宗羲等人对实证之学的提倡和力行，中国学术的转向似已呼之欲出。接而，他们毕竟没有在技术和操作层面建立起一套完整的规范。而真正从技术上、从操作层面上建立一套完整规范的，还是要数毛奇龄、阎若璩与胡渭等人。毛奇龄是一位有才华而不修边幅的学者，为人好争、好胜，甚至不惜伪造典故以欺人，或造为师承以乐大有本者，故而其学体系虽庞大，然缺少精恩，缺少学者应具的起码道德。所著经学方面的书凡五十种，合其他方面的著述共达二百多卷，今《四库全书》著录就有四十部。其学主要与朱熹立异，朱熹疑伪孔古文，毛奇龄则以为伪孔古文可信；朱熹信《仪礼》，毛奇龄则以为可疑。所著《经问》，指名攻击顾炎武、阎若璩、胡渭三人，以为三人博学重望，值得攻击，而余人碌碌，不足齿录。他的贡献主要在于基本辨明《河图》、《洛书》的源流，以为今之《河图》即大衍之数，当名《大衍图》，而非古所谓《河图》。今之《洛书》，则太乙行九宫之法，也非《洪范》九畴。
故意立异是毛奇龄学术的一个显著特点。尤其是在关于《古文尚书》真伪的问题上，他与阎若璩的对立和立异就显得没有多少道理。阎若璩所著的《古文尚书疏证》，对宋明理学家盲目崇拜的《古文尚书》提出根本怀疑，以为其书以篇数不合，篇名不合，所叙文字、年代次序之不合，然后知晚出之《古文尚书》盖不古不今，其造作者非优生也非孔安国，而是别为一家之学者。这就从根本上抽空了理学家的理论依据，证明理学家所崇拜东西原来不过是粪土一堆，原以为没有问题的神圣经典也可以而且应该拿出来重新研究。应该说，阎若璩的研究成果虽仍有不如人意处，但基本结论无疑正确。然而毛奇龄于不疑处立异，专门针对阎若璩的《古文尚书疏证》著有《古文尚书冤词》以与阎若璩抗辩，强辩《古文尚书》为真。一时间成为当时学术界公开讨论的绝大问题，结果是阎胜毛败。此后，伪《古文尚书》一案遂成定论。
辩证古书之真伪，是中国学术史研究的基础性工作，也是清代汉学的一个相当突出的特点。而在这方面，具有突出性贡献，甚至在某种程度上可以说是集大成的，是与阎若璩差不多同时的姚际恒。姚际恒以疑古精神炽烈而知名于世，他疑《古文尚书》，疑《周礼》，疑《诗序》，乃至疑《孝经》，疑《易传》十翼。年五十着手注九经；阅十四年而成，名曰《九经通论》；又著《庸言录》，杂论经史理学诸子。尤其是他所著的《古今历书考》，被完全判为历书者达七十种。
立论严谨公允，向为学者所推崇。凡被其判为伪书者，后人确实一般不再轻信。以考辩伪书知名者，在当时还有胡渭。胡渭的《易图明辩》论证；宋儒所谓的太极、无极，所谓的《河图》、《洛书》，并非来月伏羲、文王、周公、孔子，更非儒家真传，而是与唐末五代的道士陈抟渊源极深。这便以实证的方法从根本上解决了原始儒学与宋明理学的原则区别，使学者知道欲求儒家思想的真谛，舍弃宋明理学的方法，还有其他的道路可走。
诚如梁启超所说，阎若璩、胡渭等人的贡献，不仅在于辨明个别图书的真伪与源流，而且从思想上引起知识分子的极大震动，使知识分子感到欲摆脱宋明理学所带来的文化危机，必须另开新的途径。于是，以实证考据为基本特征的乾嘉汉学逐渐形成了。
