侵华满寇入关，国难当头的时候，朱公舜水本来是“凡古今礼仪大典，皆能讲究，致其精详；至于宫室器用之制，农圃播殖之业，靡不通晓”的大学者，也拍案而起、投笔从戎，奔走在浙东沿海，义无反顾地投身到抗击侵略的武装斗争中。
他北上南下，四处借兵，协助张煌言、郑成功，往来于厦门、金门之间，逆旅舟山、崇明；求援避难，从日本到越南，又从越南到日本，只为力尽一个汉族人所应该履行的义务。诚如他自己所说：“仆事事不如人，独於‘富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈’，似可无愧于古圣先贤万分之一。一身亲历之事，固与士子纸上空谈者异也。”
清寇恨之入骨，就像后来也凶残对付国姓爷的那样，挖掘捣毁抗清战士们的祖坟！
（朱公在日本，主人要为他建造好屋子，他辞谢时说：“吾藉上公眷顾，孤踪海外，得养志守节，而保明室衣冠，感莫大焉！
吾祖宗坟墓，久为发掘，每念及此，五内惨烈。
若丰屋而安居，岂我志乎？”
幸好满 贼会有报应，**匪首的公母狗墓现在基本空了）
朱公奔走海上，“雅有意于经历外邦，而资恢复之势”，1650年朱舜水以五十一岁高龄去日本，不料被清寇发现。清寇白刃合围，逼迫他髡发投降，但他谈笑自若、视死如归，刘文高等人被他的义烈所感动，偷偷驾舟将他送回舟山。
“辛卯年七月，预避虏难，从舟山复至安南。”在越南，他拒绝国王的聘用，慷慨陈词“中国折柱缺维，天倾日丧，不甘剃发从虏，逃避贵邦”，坚决不向国王跪拜效忠。他回忆：“何敢屈膝夷廷，以辱国典。故长揖不拜者，礼也。国王不知是礼，怒欲杀臣；臣挺然竟行就戮，毫无顾盼迟迴。”
国王赞曰：『好漢子』！仍不甘心，派人劝说舜水，要为他接取家眷，营造府第。对此，舜水答曰：“去家十三年，绝无婢妾，何有家眷？瑜役毕告归，必不留此，甲第何为？”国王赞叹曰：『大人！高人！不獨我交趾所無，如此人者，恐中國亦少!』
1659年五月，延平王-招讨大将军朱成功和兵部侍郎张煌言会师北伐。川口长孺《台湾郑氏纪事》：“先是，朱之瑜数来往海外，备尝艰苦，窃图恢复。至是，成功将大举，故去岁招之而至厦门。”
六十岁的朱舜水参加了这次战役。收复瓜州，攻克镇江，他都是亲历行阵。《海东逸史-朱之瑜传》：“己亥，朝（鲁）王金门。时朱成功、张煌言会师入长江，之瑜主建威伯马信营。...之瑜常往来两军间。克瓜洲，下镇江，皆亲历行阵”。
但北伐壮举却因为国姓爷的轻敌大意，不幸失败。朱公悲痛地说：「藩台(郑成功)似谓虏在目中,徒使英雄顿足耳！」
1660年（永历十四年），这位为民族解放奋斗多年的老人已经“饮泣十七载，鸡骨支离；十年呕血，形容毀瘠、面目枯黄”，坚决不在沦陷区做满鬼子的奴隶牛马，就流寓日本，以保存民族正气。
他的初衷是「闭门扫迹」暂时避难，流亡日本之初并没有终老的打算，只想“暂借一枝，栖息贵邦，衣粗茹藿，操婢仆之役，所冀天下稍宁，遄归敝邑。”自称「亡国之遗民,来此求全……」,自誓「非中国恢复，不归也」,
日本友人安东省庵作诗赞曰：
远避胡尘来海东，凛然节出鲁连雄。
历忠仗义仁人事，就利求安伞俗同。
昔日名题九天上，多年身落四边中。
鹏程好去图恢复，舟楫今乘万里风!
梁启超先生在朱公年谱的附录中说得明白：
“我做朱舜水年谱在他死后还记了若干条，那是万不可少的。他是明朝的遗臣，一心想驱逐满清，后半世寄住日本，死在日本。他曾说过：满人不出关，他的灵柩不愿回到中国。他自己做了耐久不坏的灵柩，预备将来可以搬回中国。果然那灵柩的生命，比满清还长，至今尚在日本。假使我们要去搬回来，也算偿了他的志愿哩。我因为这一点，所以在年谱后记了太平天国的起灭及辛亥革命、清室逊位，直到了满清覆亡，朱舜水的志愿才算偿了。假如这年谱在满清做，是做不完的，假如此类年谱没有谱后，是不能成佳作的。”
梁启超为朱先生做的年谱，文末有一个意味深长的点睛之笔：
“先生卒后之二百二十九年，辛亥，清宣统三年，清室逊位。”
朱舜水在日本念念不忘祖国，以“单身寄孤岛，抱节比田横”自勉。身居异域，依旧身着华服，常常面朝西方，遥望流泪。他写的《避地日本感赋》二首，抒发了他怀念故国的悲愤之情：
汉土西看白日昏，伤心胡虏据中原。
衣冠虽有先朝制，东海幡然认故园。
廿年家国今何在？又报东胡设伪官。
起看汉家天子气，横刀大海夜漫漫。
在清殖民伪政权的统治范围之外，他才能保持着言说的自由和民族的精神。他常寄信给国内子孙，教诲他们“农圃渔樵，自食其力；百工技艺，亦自不妨，惟有虏官决不为耳。”
朱舜水一如既往地守护着传统文化：“惟以邦仇未复为憾，切齿流涕，至老不衰，明室衣冠，如终如一”。
他坚决要求出国来探望他的孙儿，必须是我中华炎黄子孙的堂堂形象，
一到长崎,
“便须蓄发,如大明童子旧式；
另作明朝衣服,不须华美。
其（满清国)头帽衣裳,一件不许携入江户！”[《全集-〈答王师吉〉》]
朱舜水去世于1682年四月，三个月前，比他小十三岁的顾炎武辞世，这时中国大陆已是满清沦陷区。
他穿着一身中国服装去世后，德川光国题写墓碑“明征君子朱子墓”。
朱舜水写下了万古流芳的遗书：
“予不得再履汉土，一睹恢复事业。
予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷。
自今以往，区区对皇汉之心，绝于瞑目。
见予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，则幸矣。”
（另有记载又作“予不得再履汉土，一睹光复事业，无颜报明社稷。
自今以往，区区对皇汉之心，
绝于瞑目。过予葬地者，呼曰明人朱之瑜墓，则幸甚！”）
朱舜水先生长眠于日本茨城县常陆太田市的瑞龙山德川诸侯家族墓地。作为惟一的族外人士，朱舜水先生的墓地被安排在山地最中间的位置，可以看出主人对他的尊敬。
朱舜水的故乡-余姚，现在与常陆太田市结成了友好城市。
1982年，日本朱舜水先生纪念会、日中文化交流协会为纪念朱舜水逝世三百周年，在余姚龙泉山建造《朱舜水先生纪念碑》。是年五月二十日，以日本国参议员户叶武为团长的代表团一行专程来余姚，参加纪念碑的揭幕式。碑正面，是著名书法家沙孟海行书《朱舜水先生纪念碑》；碑后刻着“纪念中日文化交流之先驱朱舜水先生逝世三百周年”，落款是“日本朱舜水先生纪念会，日本-中国文化交流协会。”
碑后种有两棵中国苍松；碑前为日本友人带来的两棵柏树，象征朱公浩气如苍松翠柏，万古长青。
在北京养病的著名学者楼适夷，挥毫写下《朱舜水先生逝世三百年献词》献给典礼：“
大哉先生，吾乡巨哲。
生当季世，阳九逢厄。
满清入关，倾我社稷。
一介儒生，志士广结；
力挽狂澜，奋起抗击。
跨海东流，乞师告急。
扶桑流寓，江户讲席。
交流文化，弘宣圣叶；
胡运不尽，终老秉节。
懿行殊勋，后世永式。
三百周年，今逢祭日，
两国俊彦，胜会吾邑。
纪念前贤，显彰遗德。
忝以后学，仰止先哲。
羁身北国，适感小疾。
乡老宠召，欲行未得，
舜水悠悠，龙山霭霭。
遥瞻盛曲，驰恩无极。
